神学・国際教養学科では、キリスト教に根ざしたリベラルアーツな教育、世界に開かれたグローバルな教育、そして教会と社会に奉仕する教職者の育成という、３つの重要な分野を融合させたユニークな学びを提供します。

全員が神学・国際教養学科に入学して1、2年で共通科目を学びます。3年次から5つの専攻（教会教職、グローバル・スタディーズ、ユース・スタディーズ、キリスト教福祉、神学教養）
に分かれるので、入学してから専攻を決めることができます。

教会教職課程は大学院修士課程までの4年間で変わりません。アジア神学コース（ACTS-ES）とシニアコースは発展的に解消し、日本語話者と英語話者が共に学び、シニアの学生はどの専攻でも学ぶことができます。英語でも日本語でも授業を受けることができます。厚生労働省の介護福祉士養成課程はなくしますが、聖書と神学の学びをより身につけた福祉の働き人を育成します。

2012年度、福音主義に立つ神学大学院「東京基督教大学大学院神学研究科神学専攻」（博士前期課程）を開設し、学部4年間と大学院2年間、合計6年間での神学教育が完成しました。続いて、2014年度には博士課程（博士後期課程）が開設しました。

【修士課程　神学研究科博士前期課程】
①「教会教職者コース」
a．将来、教会教職者（牧師・宣教師・伝道者・教会教育従事者・教会主事等）になるという召命（使命）を持ち、それらの職に就くための高度な専門教育を受けることを欲する者。
ｂ．プロテスタントのキリスト教会において、受洗後、または幼児洗礼の場合は信仰告白後、３年以上の教会生活を送り、本研究科への入学について教会の推薦を得られる者。
ｃ．入学時までに、神学の専門基礎教育（聖書言語を含む）を修了している者。又は、本研究科の定める神学に関する知識（聖書言語を含む）を有すると認められる者。

②「神学研究者・教育者コース」
a.将来、大学や神学研究・教育機関で働く神学研究者・教育者になるという召命（使命）を持ち、それらの職に就くための高度な専門教育を受けることを欲する者。
b.プロテスタントのキリスト教会において、受洗後、または幼児洗礼の場合は信仰告白後、３年以上の教会生活を送り、本研究科への入学について教会の推薦を得られる者。ただし、教会制度をとらないプロテスタントの諸団体に属する者は、本条件に準ずる者であること。
c.入学時までに、神学の専門基礎教育（聖書言語を含む）を修了している者。または、本研究科の定める神学に関する知識（聖書言語を含む）を有すると認められる者。

【博士課程　神学研究科博士後期課程】
キリストへの信仰を表明し、かつ、本神学研究科博士前期課程の修了者、他大学の同等の課程の修了者、及びそれと同等の学力があると研究科委員会が認めた者のうちで、極めて優れた学力があると認められる者。